NPO法人を設立する為の費用として、株式会社のように、
資本金、登録免許税、定款認証手数料などの費用は一切かかりません。
設立時にかかる費用として、役員の住民票取り寄せ手数料がありますが、手数料は数百円単位です。
もう一点、法人設立登記完了後に都道府県事務所、市町村役場に法人設立届書を提出する際ですが、登記簿謄本(履歴事項全部証明書)を添付して提出しなければなりませんので、ここで最低でも2通、登記簿謄本(履歴事項全部証明書)が必要となります。謄本を取る為の手数料は1通につき千円程度です。
尚、法人名義で銀行口座を開設する際にも登記簿謄本(履歴事項全部証明書)が必要です。

NPO法人は、設立時の費用については少なくて済みますが、止むなく「解散」となってしまった場合には、絶対に必要な費用が発生します。
NPO法人は解散時に「公告」をしなければならないと法によって定められています(解散公告とは、解散したNPO法人の債権者保護の為の手続です)。
公告の方法については「官報」に掲載して行うこととなっており、
民法79条によりますと、清算人就任の日から2ヶ月以内に公告を最低3回なすべきこととされています。
官報に解散公告を掲載するには、1行につき2,854円、解散公告の場合は、通常最低9行、3回の公告を行うとして、単純計算で77,058円もの費用がかかることになります。
NPO法人は、
「設立するときはお金がかからないが、解散するときはお金がかかる」
ということになりますので、設立をする際は十分ご留意下さい。